Pilsenin lääketieteellinen tiedekunta tarjoaa yleislääketieteen kursseja (kuusi vuotta) sekä tšekin että englannin kielellä. Lääketieteen opiskelijoille kaksi ensimmäistä opiskeluvuotta on omistettu teoreettisille tieteenaloille, kuten anatomia, histologia, embryologia, biofysiikka, biokemia ja fysiologia. Kolmannen ja neljännen vuoden aikana opiskellaan prekliinisiä aineita, kuten patologinen anatomia, patologinen fysiologia, mikrobiologia, immunologia ja farmakologia. Myös vuodeopetus otetaan käyttöön kolmantena vuonna. Kaksi viimeistä opiskeluvuotta on täysin omistettu kliinisille aiheille. Hammaslääketieteen opiskelijoille kaksi ensimmäistä opiskeluvuotta on omistettu teoreettisille tieteenaloille ja esikliiniselle hammaslääketiedeelle, kolmas, neljäs ja viides vuosi kliiniselle stomatologialle. Teoreettisten tieteenalojen ja prekliinisten aineiden lukuvuodet on järjestetty talvi- ja kesälukukausiin. Jokainen lukukausi koostuu opetusjaksosta, jota seuraa koejakso. Kliiniset kurssit järjestetään lohkojärjestelmässä.